Kaip iteruoti kiekvieną teksto failo eilutę naudojant Bash?
Šiuo scenarijumi:
echo "Start!"
for p in (peptides.txt)
do
echo "${p}"
done
Ekrane gaunu tokią išvestį:
Start!
./runPep.sh: line 3: syntax error near unexpected token `('
./runPep.sh: line 3: `for p in (peptides.txt)'
(Vėliau su $p
noriu padaryti ką nors sudėtingesnio nei tik išvesti į ekraną.)
Aplinkos kintamasis SHELL yra (iš env):
SHELL=/bin/bash
/bin/bash --version
išvestis:
GNU bash, version 3.1.17(1)-release (x86_64-suse-linux-gnu)
Copyright (C) 2005 Free Software Foundation, Inc.
cat /proc/version
išvestis:
Linux version 2.6.18.2-34-default (geeko@buildhost) (gcc version 4.1.2 20061115 (prerelease) (SUSE Linux)) #1 SMP Mon Nov 27 11:46:27 UTC 2006
Failą peptides.txt sudaro:
RKEKNVQ
IPKKLLQK
QYFHQLEKMNVK
IPKKLLQK
GDLSTALEVAIDCYEK
QYFHQLEKMNVKIPENIYR
RKEKNVQ
VLAKHGKLQDAIN
ILGFMK
LEDVALQILL
Vienas iš būdų:
while read p; do
echo "$p"
done <peptides.txt
Kaip pažymėta komentaruose, tai turi šalutinį poveikį - išpjaunamos pradinės baltosios eilutės, interpretuojamos atvirkštinių pasvirųjų brūkšnių sekos ir praleidžiama paskutinė eilutė, jei joje nėra baigiamosios eilutės simbolio. Jei tai kelia susirūpinimą, galite tai padaryti:
while IFS="" read -r p || [ -n "$p" ]
do
printf '%s\n' "$p"
done < peptides.txt
Išimtiniais atvejais, jei ciklo kūnas gali būti skaitomas iš standartinės įvesties, galite atidaryti failą naudodami kitą failo deskriptorių:
while read -u 10 p; do
...
done 10<peptides.txt
Šiuo atveju 10 yra tiesiog sutartinis skaičius (skiriasi nuo 0, 1, 2).
cat peptides.txt | while read line
do
# do something with $line here
done
ir vienaskaitos variantas:
cat peptides.txt | while read line; do something_with_$line_here; done
Šios parinktys praleidžia paskutinę failo eilutę, jei nėra baigiamojo eilutės padavimo.
To galima išvengti taip:
cat peptides.txt | while read line || [[ -n $line ]];
do
# do something with $line here
done
1a variantas: Kol ciklas: Po vieną eilutę: Įvesties peradresavimas
#!/bin/bash
filename='peptides.txt'
echo Start
while read p; do
echo $p
done < $filename
Vartojimas 1b: While loop: Po vieną eilutę vienu metu: Atidarykite failą, skaitykite iš failo deskriptoriaus (šiuo atveju failo deskriptorius Nr. 4).
#!/bin/bash
filename='peptides.txt'
exec 4<$filename
echo Start
while read -u4 p ; do
echo $p
done