Мне надоело, что их приходится включать каждый раз, когда я открываю приложение.
Перейдите в раздел TextWrangler > Preferences.
В панели категорий выберите Отображение состояния текста, затем отметьте опцию "Показывать номера строк" и закройте настройки. Теперь эта опция должна быть включена по умолчанию при открытии существующих документов.